Mmm es extraño, pero ¿Te aparecen las inserciones en la pista y no los presets? ¿O no te aparecen las inserciones en las pistas ni su configuración?
Los presets se guardan aparte del proyecto, si usas el mismo preset para todas las pistas y luego los modificas se guardan automáticamente, pero como teóricamente son el mismo preset todos, solo se guardara uno y todos los demás serán iguales a este.
Lo que pasa es que esos cambios no se actualizan hasta que cargas de nuevo el proyecto o le das al botón de actualizar del canal, por lo que todo esta ok hasta que vuelves a cargar el proyecto.
Si utilizas presets pero los modificas deberías guardarlos con otro nombre o después puedes tener conflictos de ese tipo.
Creo que sera por eso!