Hola,
No he trabajado nunca con una tarjeta EMU y me resulta extraño que tengas que hacer envios para que cubase te reconozca las entradas.
De todas maneras, ¿porque no haces envios a cubase y ademas envios de monitorización directa?. Y manejas la monitorización desde el mezclador de tu tarjeta.
Debes entender que en la monitorizacion directa el sonido no llega a entrar en el ordenador, sino que pasa por la tarjeta y directamente vuelve a salir (sin convertirse a de analogico a digital y luego digital a analogico que es lo que produce la latencia).
Por tanto normalmente cubase con la monitorización directa se suele comunicar con la tarjeta para decirle q active la monitorización directa. Lo que pasa es que si desde la tarjeta tienes que configurar los envios para que te detecte las entradas, probablemente la opcion de monitorización directa tendras que controlarla desde allí.
De todas formas, para mi resulta mucho más comodo trabajar con monitorización procesada, si tienes baja latencia. Porque puedes activar casi todos los efectos mientras grabas, por ejemplo con guitarras puedes usar el guitar rig o amplitube en tiempo real.
Un saludo y siento no poder ser de más ayuda