Los Vsti (supongo que te refieres a los VSTi, es decir, instrumentos virtuales) no tienes porque grabarlos en audio, lo normal es crear las tomas MIDI y reproducirlas diretamente en el VSTi, y solo pasarlo a audio cuando exportas la mezcla.
El teclado controlador cuando lo instales cubase te lo reconocera directamente y podrás grabar MIDI con facilidad.
Puedes si quieres grabar lo que suena por los VSTi en una pista audio, seleccionando como entrada de esa pista audio el bus de salida de la pista de salida del VSTi.
Tendrias que crear un bus estereo de más (aunq las salidas fisicas sean las mismas), para poder hacer esto (ya que en un canal no puedes seleccionar la misma entrada que la salida)