Hola,
La opción de cuantizar no siempre da buenos resultados, y más si usas lo de trocear, es complicado.
Si tienes cubase 6.5 entonces ya se pueden hacer más cosas ya que puedes cuantizar con audiowarp, de todas formas yo la cuantización solo la utilizo para baterías y a veces para bajos.
En cuanto a grabar, yo suelo grabar por partes, por ejemplo la intro y la primera estrofa de guitarra hasta el estribillo, y despues grabo el estribillo, así mantienes la intensidad y la precisión y todo sale técnicamente más correcto.
Pero ses importante que cuando hagas un trozo, solapes el siguiente, es decir, entres al estribillo, y al hacer el estribillo vengas tocando desde un poco antes, para que así cuando lo juntes quede natural.
Un Saludo!