Si la guitarra es acustica o un bajo pasivo creo que no hay problema (no se si hay guitarras electricas pasivas, sinceramente no lo se, no soy guitarra).
No es tema de latencia, la latencia es el retraso entre la emision del sonido y la reproduccion de este, no tiene nada que ver con la calidad del sonido. El problema es la impedancia, que es la resistencia interna de cada instrumento, si las entradas son distintas es donde puedes tener el problema de que suene mejor o peor.
En principio con un cacharro de estos tendria que sonar mejor como tu dices, ya te digo que no lo he probado, yo utilizo una mesa de mezclas que tiene entrada de guitarra. En principio conectando eso deberias escuchar la señal limpia (tal como entra al ampli).
Otra cosa que puedes hacer que yo no la he probado, es si tienes una pedalera conectarla por linia a ver como te suena (no se si la salida de la pedalera es ya de linia, por si quieres probar ya sabes)
